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純殼聚糖纖維的抑菌機理較為復雜，金殼殼聚糖表示對于不同的微生物有不同的作用方式，基本作用機理如下：
其一，殼聚糖在抑菌過程中的有效基團是-NH3+，帶有正電荷，細菌表面帶有負電荷，由于正、負電荷之間的電中和反應，損壞了細菌細胞壁的完整性，改變了微生物細胞膜的流動性和通透性，使細菌不能生長繁殖，直至細菌死亡，起到抑菌作用。
其二，殼聚糖溶于弱酸（包括汗液）后，形成陽離子高分子鏈絮凝劑，密集于細菌細胞表面，形成一層致密的高分子膜，切斷了營養(yǎng)物質向細胞內運輸，阻止了代謝物的排泄，導致細菌新陳代謝紊亂，起到抑菌作用。
其三， 當殼聚糖濃度足夠高時，金殼殼聚糖表示能夠激活細菌本身的幾丁質酶活性，促使幾丁質酶被過分表達，從而損傷細菌細胞壁，起到抑菌作用。
其四， 純殼聚糖纖維選擇性地螯合對微生物生長起關鍵作用的金屬離子，從而抑制微生物的生長，起到抑菌作用。